一、做一块优质的琼脂糖凝胶

“工欲善其事，必先利其器”，能否做一块好的琼脂糖凝胶，直接影响到后面电泳和结果的分析。制胶前，小科给大家的建议：

1. 在制胶时必须将制胶模具、梳子以及烧杯等物品洗净，以免干胶及其他杂质带入；

2. 在溶胶时应观察溶液中是否有未溶解的琼脂糖颗粒，确保溶胶完全；

3. 在溶液倒入制胶模具前必须充分混匀，以免制出来的胶出现不均匀的现象。


图一：制胶时带入了其它杂质，形成了障碍物，使得DNA条带电泳时受到阻碍无法继续电泳，从而形成扭曲带	图二：制胶时溶胶不完全以致琼脂糖颗粒残留，形成一些浓度较高的凝胶区域，在DNA电泳经过这些区域时，部分DNA被阻碍在这里而形成不规则亮带。

二、选择合适浓度的琼脂糖凝胶

凝胶的浓度是常被忽略问题。小科建议：长片段的DNA选用低浓度的凝胶电泳，短片段的DNA则选用高浓度的凝胶电泳。

表一：分离不同大小的DNA片段所用的最适凝胶浓度

凝胶浓度	0.5%	0.7%	1%	1.2%	1.5%	2%
DNA长度	1kb-30kb	800bp-12kb	500bp-10kb	400bp-7kb	200bp-3kb	50bp-2kb

要想电泳跑出可见条带的话，至少需要上样50 ng，但是0.5 cm宽的梳子最好不超过0.5μg的DNA量，因为上样量过多会造成加样孔超载，从而导致拖尾或弥散，对于较长的DNA此现象更为明显。另外，加样量的多少还应依据加样孔的大小及DNA片段的长度而定，当加样孔大时，样品上样量应相应加大。

通常情况下电压越低，走出的电泳条带越平整。低电压电泳时，电泳缓冲液也不容易发烫，也能确保在电泳的过程中凝胶不会变形。当然电压太低，等待电泳结果的时间就会延长，综合考虑，一般控制电泳电压≤5V/cm，即可保证电泳条带的清晰度。


图三和图四同一样本跑出的图，但是出来的效果差别非常大，主要是因为电泳时的电压不同图三由于电泳的电压过大，导致电泳条带都扭曲变形了。

一些片段的DNA，电泳20-30min家常便饭，有的甚至需要更长的时间，如果想稍微快一点，可以选用浓度比较稀的凝胶或稍微调高一点电压进行电泳。

希望以上信息对大家有帮助。以上文章转载于丁香园核酸技术论坛。