染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。实验者会遇到如下问题。

1、无特异性抗体对照时出现背景过高

1.1 与蛋白A或G非特异结合

应采用预清除处理，即在加入抗体前，将裂解的样本与磁珠混合1小时然后分离使用

1.2 所用缓冲液被污染

裂解液和洗涤液要新鲜配置

1.3 某些蛋白A或G磁珠本身会产生很高的背景

选择合适的产品，所提供的产品在非特异性对照样本中得到背景最低最干净的结果

2、结合区域过大使背景过高分辨率降低

2.1 片段过大

优化 DNA 片段大小，建议 DNA 片段不超过1.5 bp

3、信号过低

3.1 染色质片段过小

太小的片段会使核小体间的 DNA 被消化掉。如进行末端CHIP，通常消化酶即可得到所需大小的染色质片段

3.2 交联染色质免疫沉淀时交联时间过长

使用甲醛交联10-15分钟，然后用磷酸盐缓冲液冲洗干净，加入甘氨酸终止甲醛作用

3.3 原材料不足

建议使用25ug的染色质

3.4 免疫沉淀中抗体不足

建议开始时加入3-5ug抗体量，如未检测到信号，可加至10ug

3.5 特异性抗体结合受阻

建议洗涤液中氯化钠不高于500mM

3.6 细胞裂解不充分

建议使用RIPA裂解

3.7 目标区域无足够抗体

目标区域无表位，应设置阳性对照抗体

3.8 有些单抗不适合做交联免疫共沉淀

单抗识别的表位在交联的过程中被掩盖，而阻碍位点识别，建议使用多克隆抗体

3.9 使用错误的抗体亲和性磁珠

建议使用混合好的蛋白A和蛋白G琼脂糖

4、免疫沉淀DNA时PCR扩增问题

4.1 反应后包括无模板的阴性对照在内均出现很高的信号

试剂被污染，建议使用新鲜试剂

4.2 样品中无 DNA 扩增

使用标准对照/抽样 DNA 以确定样本中引物有效。