如何预测基因的转录因子？

      来源  实验万事屋

我们要研究一个基因的表达调控的话，其中最基本的就是看这个基因受到哪些转录因子的调控。当然我们不弄凭空的猜想，这个基因受到那些转录因子的调控。

由于转录因子对基因的调控也是通过与特定的序列进行结合的调控的。所以我们可以通过预测这个基因的启动子区是否有哪些基因的转录因子结合位点，进而就可以研究，这个转录因子是否对这个基因有调控作用了。如果我们要预测这个基因的的转录因子有哪些，可以用到PROMO（http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3）这个数据库。

其实这个数据库特别的简单，我们只需要按照这个其右侧的步骤一步一步来即可

点击“SelectSpecies”选择预测转录因子的物种和位点，我们选择“人类”

点击“SelectFactors”选择预测的转录因子，如果大家没有目标转录因子的话，那就可以全选即可。

我们点击“SearchSites”把我们目标启动子区拷贝进去。至于如何查找基因启动子区的序列，我们在如何查找基因的序列中已经讲过了。我们这里输入TP53上游1000bp的序列。

结果中，我们就可以看到在可能和TP53启动子区结合的转录因子

我们可以点击“DATA.txt”即可把结果部分下载下来。

另外一个可以预测转录因子的数据库是JASPAR(http://jaspar.genereg.net/)

我们可以通过快速搜索里面搜索目标转录因子或者目标物种。如果我们需要看一个基因启动子区所有可能的转录因子的话，那就可以搜索“Homo sapiens”

结果出来的即是所有的人类的转录因子，我们需要做的就是：

1.点击“TOGGLE”把所有人类的转录因子选上。

2.输入目标基因的启动子区，注意这里需要输入的为fasta格式的序列（其实就是在序列前加入 “>+自己可以识别的名字”即可）如图即为tp53输入结果。

3.点击“SCAN”即可

出现的结果即为可能的转录因子及结合的位点。

大家只需要把结果复制到excel即可。